La Direction Générale des Douanes comprend les Directions Techniques Nationales ci-après :
- La Direction des Ressources Humaines et de la Formation;
- La Direction d’Audit et de Contrôle Interne;
- La Direction de la Règlementation et de la Coopération Douanière;
- La Direction de la Facilitation et du Partenariat;
- La Direction des Ressources Financières et de la Logistique;
- La Direction des Enquêtes, du Renseignement, de l’Analyse des Risques et du Contentieux;
- La Direction de la Comptabilité et des Etudes;
- La Direction des Systèmes d’Information.